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首先修改httpd.conf，如果你只允許你的php腳本程序在web目錄里操作，還可以修改httpd.conf文件限制php的操作路徑。比如你的web目錄是/usr/local/apache/htdocs，那么在httpd.conf里加上這么幾行：
php_admin_value open_basedir /usr/local/apache
/htdocs
這樣，如果腳本要讀取/usr/local/apache/htdocs以外的文件將不會(huì)被允許，如果錯(cuò)誤顯示打開的話會(huì)提示這樣的錯(cuò)誤：
Warning: open_basedir restriction in effect. File is in wrong directory in
/usr/local/apache/htdocs/open.php on line 4
等等。
2、防止php木馬執(zhí)行webshell
打開safe_mode，
在，php.ini中設(shè)置
disable_functions= passthru，exec，shell_exec，system
二者選一即可，也可都選
3、防止php木馬讀寫文件目錄
在php.ini中的
disable_functions= passthru，exec，shell_exec，system
后面加上php處理文件的函數(shù)
主要有
fopen，mkdir，rmdir，chmod，unlink，dir
fopen，fread，fclose，fwrite，file_exists
closedir，is_dir，readdir.opendir
fileperms.copy，unlink，delfile
即成為
disable_functions= passthru，exec，shell_exec，system，fopen，mkdir，rmdir，chmod，unlink，dir
，fopen，fread，fclose，fwrite，file_exists
，closedir，is_dir，readdir.opendir
，fileperms.copy，unlink，delfile
ok，大功告成，php木馬拿我們沒轍了，遺憾的是這樣的話，利用文本數(shù)據(jù)庫(kù)的那些東西就都不能用了。
如果是在windos平臺(tái)下搭建的apache我們還需要注意一點(diǎn)，apache默認(rèn)運(yùn)行是system權(quán)限，這很恐怖，這讓人感覺很不爽.那我們就給apache降降權(quán)限吧。
NET user apache fuckmicrosoft /add
NET localgroup users apache /del
ok.我們建立了一個(gè)不屬于任何組的用戶apche。
我們打開計(jì)算機(jī)管理器，選服務(wù)，點(diǎn)apache服務(wù)的屬性，我們選擇log on，選擇this account，我們填入上面所建立的賬戶和密碼，重啟apache服務(wù)，ok，apache運(yùn)行在低權(quán)限下了。
實(shí)際上我們還可以通過設(shè)置各個(gè)文件夾的權(quán)限，來讓apache用戶只能執(zhí)行我們想讓它能干的事情，給每一個(gè)目錄建立一個(gè)單獨(dú)能讀寫的用戶。這也是當(dāng)前很多虛擬主機(jī)提供商的流行配置方法哦，不過這種方法用于防止這里就顯的有點(diǎn)大材小用了。
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